La causa per il riconoscimento del martirio si è conclusa il 6 maggio 2001, dalla fine di settembre 2001 l'incartamento è all'esame della Congregazione per le cause dei Santi. Lo ha annunciato il cardinale Salvatore De Giorgi al termine della solenne cerimonia in Cattedrale, nell'ottavo anniversario dell'omicidio, il 15 settembre 2001.

Attualmente (marzo 2006) è stata stampata la Positio, che è la raccolta delle prove testimoniali e documentali e degli atti giuridici essenziali per poter rispondere al dubbio se veramente si può parlare di eroicità delle virtù o di martirio del Servo di Dio.
Quanto prima la Positio, sarà oggetto di discussione presso la Congregazione delle Cause dei Santi.

Padre Pino Puglisi, nel settimo anniversario della sua uccisione ordinata dai mafiosi, è stato commemorato il 15 settembre 2000 in Cattedrale dal cardinale Salvatore De Giorgi, arcivescovo di Palermo, che ha presieduto una solenne celebrazione eucaristica.

Il presule ha ricordato che don Puglisi fu assassinato «per servire la Chiesa ed educare i giovani» e ha affermato che l' intera diocesi attende con fiducia «la sua glorificazione da parte della Chiesa, mentre il suo processo di beatificazione super martirio nella fase diocesana sta per volgere alla conclusione, a gloria di Dio e a nostra edificazione e insegnamento».
La valenza del delitto (anche nella sua portata intimidatrice nei confronti di tutti i sacerdoti) e la figura di "3P" vennero subito valutate con piena consapevolezza dalla Chiesa.

Il 17 settembre '93 Giovanni Paolo II alla Verna, il monte dove San Francesco ricevette le stimmate, lo volle ricordare con queste parole:
"In questo luogo di pace e di preghiera, non posso che esprimere il dolore con il quale ho appreso ieri mattina la notizia dell'uccisione di un sacerdote di Palermo, don Giuseppe Puglisi. Elevo la mia voce per deplorare che un sacerdote impegnato nell'annuncio del Vangelo e nell'aiutare i fratelli a vivere onestamente, ad amare Dio e il prossimo, sia stato barbaramente eliminato. Mentre imploro da Dio il premio eterno per questo generoso ministro di Cristo, invito i responsabili di questo delitto a ravvedersi e a convertirsi. Che il sangue innocente di questo sacerdote porti pace alla cara Sicilia".

E il cardinale Camillo Ruini, presidente della Conferenza episcopale italiana, aggiunse, pochi giorni dopo: "Don Puglisi era un prete esemplare, che ha testimoniato con la realtà della sua vita e con la sua stessa morte come la Chiesa sulla via che conduce da Cristo all'uomo non possa essere fermata da nessuno". Un anno dopo, nel novembre '94, per due volte - durante le visite a Catania e a Siracusa - il Pontefice, mentre invocava la protezione di alcuni santi e beati siciliani, rammentò il sacrificio di "3P" definendolo "coraggioso testimone del Vangelo".

Dal '94, per volontà del cardinale Salvatore Pappalardo, l'anno diocesano a Palermo si apre il 15 settembre nel nome di don Puglisi, in modo che il giorno della morte non sia simbolo di sconfitta ma momento dell'incontro con il Cristo-vita, attimo simbolico del futuro "kairòs", il tempo della liberazione e della salvezza.

Durante l'omelia per il primo anniversario l'allora arcivescovo sottolineò come "in un contesto mafioso la dignità e la libertà umane vengono ignorate e calpestate, mentre don Puglisi, in nome del Vangelo e della missione educatrice da esso affidatagli, cercava di ottenere che ciascuno comprendesse la necessità di sottrarsi ad ogni pesante giogo e di disporre della propria esistenza senza umilianti asservimenti. Per diventare, da schiavi, uomini liberi".

Nell'autunno dell'anno successivo ('95) lo stesso cardinale in Cattedrale, a conclusione delle commemorazioni, invitò a iniziare la raccolta di tutte le testimonianze su "3P".

Dal '96 al '97 si susseguono le raccolte di firme per chiedere l'apertura del processo di beatificazione.

Il nuovo arcivescovo di Palermo, Salvatore De Giorgi, mostra di ben conoscere la storia e l'itinerario di don Puglisi: già nel primo messaggio, inviato alla città subito dopo la nomina (maggio '96), cita il parroco di Brancaccio e lo addita a "esempio per tutta la nostra comunità".

Nel settembre '97 in Cattedrale lo accomuna a Madre Teresa di Calcutta, da poco scomparsa, e li definisce entrambi "testimoni credibili e coraggiosi della speranza che non delude".
Le ultime parole di don Pino, infatti, - "me l'aspettavo" - "rivelano la consapevolezza di questo sacerdote di andare incontro al proprio martirio proprio perché fedele al suo ministero di evangelizzatore".

L'anno dopo ('98) si compiono i cinque anni dalla morte, termine minimo per l'avvio delle procedure canoniche. E il cardinale De Giorgi dà l'annuncio della decisione presa nel corso dell'omelia per il 25° anniversario della sua ordinazione episcopale (29 dicembre '98).
Il 22 febbraio '99 nomina la commissione diocesana e il 15 luglio - durante la processione per Santa Rosalia - comunica ai fedeli di aver chiesto alla Santa Sede il nulla osta all'avvio ufficiale del "processo". Nulla osta che arriva pochi giorni prima del sesto anniversario.

Il 15 settembre 1999 si insedia il Tribunale ecclesiastico.
I componenti del Tribunale sono: don Giorgio Scimeca (delegato arcivescovile), mons. Domenico Mogavero (postulatore), don Vincenzo Talluto (promotore di giustizia), Agostina Ajello (notaio).
I componenti della Commissione diocesana per l'istruttoria preliminare sono: mons. Salvatore Di Cristina, don Francesco Michele Stabile, mons. Francesco Pizzo, don Francesco Conigliaro, don Mario Golesano, don Carmelo Cuttitta, don Giorgio Scimeca, Agostina Ajello e Francesco Deliziosi.