L'assassino di padre Pino Puglisi, Salvatore Grigoli, è stato arrestato il 19 giugno del 1997 dopo un lungo periodo di latitanza e dopo essere sfuggito a una trappola ordita dagli stessi mafiosi per sopprimerlo.
Soprannominato nel clan "U Cacciaturi", si è autoaccusato di decine di delitti e attentati e ha avuto un ruolo anche nel rapimento e nella soppressione di Giuseppe Di Matteo, il figlio del collaboratore di giustizia Santo.
Dopo aver confessato e chiamato in causa i complici, ha iniziato un cammino di conversione mettendosi in contatto con l'attuale parroco di Brancaccio, don Mario Golesano.
Il 7 settembre 1998 ha scritto una lettera al sindaco di Palermo, Leoluca Orlando, per rivolgere "le sue scuse" a tutta la città per l'omicidio di padre Pino.
"Oggi sono consapevole di aver sbagliato in modo grave. - ha scritto - Oggi che comincio ad assaporare il bene e a disgustare il male. La morte di don Pino ha contribuito al mio cambiamento. Purtroppo è una realtà che fa molto male...chissà se don Pino è stato mandato da Dio sulla Terra con dei compiti specifici...A me personalmente fa male ricordarlo per il motivo che tutti conosciamo, ma a tanti e tanti altri può far bene ricordarlo, perché lui è morto per il bene degli altri e il prezzo è stato altissimo".

Grazie alle deposizioni degli amici di "3P" a Brancaccio (che hanno avuto il coraggio di rompere il muro dell'omertà), alle investigazioni e al contributo di Grigoli e di altri collaboratori della giustizia, per il delitto sono stati istruiti due processi.
Il primo, contro lo stesso Grigoli e contro Giuseppe e Filippo Graviano, i boss di Brancaccio accusati di essere i mandanti, si è concluso in primo grado con la condanna all'ergastolo di Giuseppe Graviano e a dieci anni di Filippo (entrambi sono stati catturati nel gennaio '94 e da allora sono in carcere).
L'assassino ha usufruito degli sconti di pena ed è stato condannato a 16 anni.
Il pm ha proposto appello, e il processo di secondo grado ha visto la condanna all'ergastolo anche per Filippo Graviano, mentre le altre pene sono state confermate. Gli ergastoli sono stati resi definitivi dalla Cassazione.

 Un secondo processo riguarda gli altri componenti del commando che attese la sera del 15 settembre 1993 "3P" sotto casa, in piazzale Anita Garibaldi: Gaspare Spatuzza, Nino Mangano, Cosimo Lo Nigro e Luigi Giacalone, tutti già detenuti.
I quattro sono stati condannati al carcere a vita il 14 aprile del '98 con un verdetto confermato dal processo d'appello a fine giugno '99 e poi reso definitivo dalla Corte di Cassazione.
Le motivazioni della sentenza della seconda sezione della Corte d'Assise riassumono così il movente del delitto e lo scenario di Brancaccio (il documento è depositato in cancelleria a Palermo in data 19 giugno 1998):
"Emerge la figura di un prete che infaticabilmente operava sul territorio, fuori dall'ombra del campanile...L'opera di don Puglisi aveva finito per rappresentare una insidia e una spina nel fianco del gruppo criminale emergente che dominava il territorio, perché costituiva un elemento di sovversione nel contesto dell'ordine mafioso, conservatore, opprimente che era stato imposto nella zona, contro cui il prete mostrava di essere uno dei piu' tenaci e indomiti oppositori.
"Tutte le opere e iniziative che avevano fatto capo al sacerdote e che sono state indicate minuziosamente dai suoi collaboratori e persone a lui vicine, fanno corona alla figura di un religioso austero e rigoroso, non contemplativo ma calato pienamente nel sociale, immerso nella difficile realtà di quartiere, lucido e disincantato ma non per questo amaro e disilluso, arreso o fiaccato dalle minacce, intimidazioni e aperti contrasti con gli uomini dell'establishment mafioso locale.
"Don Pino Puglisi aveva scelto non solo di "ricostruire" il sentimento religioso e spirituale dei suoi fedeli, ma anche di schierarsi, concretamente, senza veli di ambiguità e complici silenzi, dalla parte di deboli ed emarginati, di appoggiare senza riserve i progetti di riscatto provenienti da cittadini onesti, che coglievano alla radice l'ingiustizia della propria emarginazione e intendevano cambiare il volto del quartiere, desiderosi di renderlo piu' accettabile, accogliente e vivibile. E per questo erano malvisti, boicottati o addirittura bersaglio di atti violenti attuati per mortificare ogni voglia di riscatto, di progresso civile, ogni processo di "consapevolizzazione" dei propri diritti elementari.